崀山位于系列提名地中部中亚热带湿润季风气候区，发育和保存了典型的常绿阔叶林，在孤立丹霞山体顶部和山脊保存着原始常绿阔叶林，在崖壁保存了由春夏生长而秋冬休眠的和春夏休眠而秋冬生长的植物有机组合的草本植被生态系统和附壁藤本生态系统，保存了有表现生境狭窄特有现象的崀山特有种，是丹霞植被谱系、演替和丹霞“生态孤岛”的模式区域。
崀山是系列提名地中南岭山脉中唯一提名地，是亚热带东部湿润区常绿阔林的精华所在地，起源古老的生物类群和珍稀濒危物种最为集中，植被的“生态孤岛”现象和生境狭窄特有现象最为突出，是丹霞植物群落演替系列阶段最为完整的地区，是记录被子植物基部类群与动物（昆虫）发生协同进化（广义）关系的特殊生境区。是丹霞生物多样性综合研究的极好模式和试验地。
崀山丹霞提名地具有丰富的生物多样性和很高的自然遗产保护价值，有野生维管束植物1421种和大型真菌150种，其中列入中国物种红色名录的有88种；列入IUCN的71种；列入CITES的41种；中国国家重点保护植物26种，其中Ⅰ级3种。植被覆盖率85%，林木绿化率75.9%；有10个植被型，71个植物群系。有哺乳动物26种、鸟类94种、爬行类35种、两栖类19种、鱼类36种和昆虫816种，其中列入中国物种红色名录270种，列入IUCN的40种，列入CITES的27种，有中国国家重点保护18种。