不需要什么流程。农村合作医疗的注销只要不再进行缴纳费用，就会自动消除掉了。下列医疗费用不纳入基本医疗保险基金支付范围：（一）应当从工伤保险基金中支付的； （二）应当由第三人负担的； （三）应当由公共卫生负担的； （四）在境外就医的。 医疗费用依法应当由第三人负担，第三人不支付或者无法确定第三人的，由基本医疗保险基金先行支付。基本医疗保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。
法律依据:《社会保险法》第二十五条 国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。 城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和补贴相结合。 享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由给予补贴。